23|数字计算:介绍线性代数和数值计算库
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你好,我是吴咏炜。
科学计算在今天已经完全可以使用 C++ 了。我不是从事科学计算这一领域的工作的,不过,在工作中也多多少少接触到了一些计算相关的库。今天,我就给你介绍几个有用的计算库。
Armadillo
说到计算,你可能首先会想到矩阵、矢量这些东西吧?这些计算,确实就是科学计算中的常见内容了。这些领域的标准,即是一些 Fortran 库定下的,如:
- BLAS [1]
- LAPACK [2]
- ARPACK [3]
它们的实现倒不一定用 Fortran,尤其是 BLAS:
- OpenBLAS [4] 是用汇编和 C 语言写的
- Intel MKL [5] 有针对 Intel 的特定 CPU 指令集进行优化的汇编代码
- Mir GLAS [6] 是用 D 语言写的
不管实现的方法是哪一种,暴露出来的函数名字是这个样子的:
- ddot
- dgemv
- dsyrk
- sgemm
- ……
这个接口的唯一好处,应该就是,它是跨语言并且跨实现的😅。所以,使用这些函数时,你可以切换不同的实现,而不需要更改代码。唯一需要修改的,通常就是链接库的名字或位置而已。
假设我们需要做一个简单的矩阵运算,对一个矢量进行旋转:
PRP′=[1 0]=[cos(θ)sin(θ)−sin(θ)cos(θ)]=R⋅P
这么一个简单的操作,用纯 C 接口的 BLAS 来表达,有点痛苦:你需要使用的大概是 dgemv_
函数,而这个函数需要 11 个参数!我查阅了一下资料之后,也就放弃了给你展示一下如何调用 dgemv_
的企图,我们还是老老实实地看一下在现代 C++ 里的写法吧:
#include
#include
#include
using namespace std;
int main()
{
// 代表位置的向量
arma::vec pos{1.0, 0.0};
// 旋转矩阵
auto& pi = arma::datum::pi;
double angle = pi / 2;
arma::mat rot = {
{cos(angle), -sin(angle)},
{sin(angle), cos(angle)}};
cout « “Current position:\n”
« pos;
cout « “Rotating "
« angle * 180 / pi
« " deg\n”;
arma::vec new_pos = rot * pos;
cout « “New position:\n”
« new_pos;
}
这就是使用 Armadillo [7] 库来实现矢量旋转的代码。这个代码,基本就是上面的数学公式的一一对应了。代码相当直白,我只需要稍稍说明一下:
- 所有的 Armadillo 的类型和函数都定义在
arma
名空间下。 - Armadillo 在
arma::datum
下定义了包括 pi 和 e 在内的一些数学常量。 vec
是矢量类型,mat
是矩阵类型,这两个类型实际上是Col<double>
和Mat<double>
的缩写别名。- Armadillo 支持使用 C++11 的列表初始化语法来初始化对象。
- Armadillo 支持使用流来输出对象。
上面代码的输出为:
Current position:
1.0000
0
Rotating 90 deg
New position:
6.1232e-17
1.0000e+00
输出里面的 6.1232e-17
是浮点数表示不精确的后果,把它理解成 0 就对了。
我们上面已经提到了 vec
实际上是 Col<double>
,双精度浮点数类型的列矢量。自然,Armadillo 也有行矢量 rowvec
(即 Row<double>
),也可以使用其他的数字类型,如 int
、 float
和 complex<float>
。此外,除了大小不确定的线性代数对象之外,Armadillo 也提供了固定大小的子类型,如 vec::fixed<2>
和 mat::fixed<2, 2>
;为方便使用,还提供了不少别名,如 imat22
代表 Mat<int>::fixed<2, 2>
等。固定大小的对象不需要动态内存分配,使用上有一定的性能优势。
Armadillo 是一个非常复杂的库,它的头文件数量超过了 500 个。我们今天不可能、也不必要描述它的所有功能,只能稍稍部分列举一下:
- 除了目前提到的列矢量、行矢量和矩阵外,Armadillo 也支持三维的数据立方体,
Cube
模板。 - Armadillo 支持稀疏矩阵,
SpMat
模板。 - 除了数学上的加、减、乘运算,Armadillo 支持按元素的乘法、除法、相等、不等、小于比较等(使用
%
、/
、==
、!=
、<
等)运算,结果的大小跟参数相同,每个元素是相应运算的结果。某些运算符可能不太直观,尤其是%
(不是取模)和==
(返回不是单个布尔值,而是矩阵)。 - Armadillo 支持对非固定大小的矢量、矩阵和立方体,改变其大小(
.reshape()
和resize()
)。 - Armadillo 可以方便地按行(
.col()
)、列(.row()
)、对角线(.diag()
)读写矩阵的内容,包括用一个矢量去改写矩阵的对角线。 - Armadillo 可以方便地对矩阵进行转置(
.t()
)、求反(.inv()
)。 - Armadillo 可以对矩阵进行特征分解(
eigen_sym()
、eigen_gen()
等)。 - Armadillo 支持傅立叶变换(
fft()
、fft2()
等)。 - Armadillo 支持常见的统计计算,如平均值、中位值、标准偏差等(
mean()
、median()
、stddev()
等)。 - Armadillo 支持多项式方程求根(
roots
)。 - Armadillo 支持 k‐平均聚类(k-means clustering)算法(
kmeans
)。 - 等等。
如果你需要用到这些功能,你可以自己去查看一下具体的细节,我们这儿只提几个与编程有关的细节。
对象的输出
我们上面已经展示了直接把对象输出到一个流。我们的写法是:
cout « “Current position:\n”
« pos;
实际上基本等价于调用 print
成员函数:
pos.print(“Current position:”);
这个写法可能会更简单些。此外,在这两种情况,输出的格式都是 Armadillo 自动控制的。如果你希望自己控制的话,可以使用 raw_print
成员函数。比如,对于上面代码里对 new_pos
的输出,我们可以写成(需要包含
cout « fixed « setw(9)
« setprecision(4);
new_pos.raw_print(
cout, “New position:”);
这种情况下,你可以有效地对格式、宽度和精度进行设置,能得到:
New position:
0.0000
1.0000
记得我们说过 vec
是 Col<double>
的别名,因此输出是多行的。我们要输出成单行的话,转置(transpose)一下就可以了:
cout « fixed « setw(9)
« setprecision(4);
new_pos.t().raw_print(
cout, “New position:”);
输出为:
New position:
0.0000 1.0000
表达式模板
如果你奇怪前面 dgemv_
为什么有 11 个参数,这里有个我没有提的细节是,它执行的实际上是个复合操作:
y←αA⋅x+βy
如果你只是简单地做乘法的话,就相当于 α 为 1、β 为 0 的特殊情况。那么问题来了,如果你真的写了类似于上面这样的公式的话,编译器和线性代数库能不能转成合适的调用、而没有额外的开销呢?
答案是,至少在某些情况下是可以的。秘诀就是表达式模板(expression template)[8]。
那什么是表达式模板呢?我们先回过去看我上面的例子。有没有注意到我写的是:
arma::vec new_pos = rot * pos;
而没有使用 auto
来声明?
其中部分的原因是,rot * pos
的类型并不是 vec
,而是:
const Glue<Mat
换句话说,结果是一个表达式,而并没有实际进行计算。如果我用 auto
的话,行为上似乎一切都正常,但我每次输出这个结果时,都会重新进行一次矩阵的乘法!而我用 arma::vec
接收的话,构造时就直接进行了计算,存储了表达式的结果。
上面的简单例子不能实际触发对 dgemv_
的调用,我用下面的代码实际验证出了表达式模板产生的优化(fill::randu
表示对矢量和矩阵的内容进行随机填充):
#include
#include
using namespace std;
using namespace arma;
int main()
{
vec x(8, fill::randu);
mat r(8, 8, fill::randu);
vec result = 2.5 * r * x;
cout « result;
}
赋值语句右边的类型是:
const Glue<eOp<Mat
eop_scalar_times>,
Col
当使用这个表达式构造 vec
时,就会实际发生对 dgemv_
的调用。我也确实跟踪到了,在将要调用 dgemv_
时,标量值 2.5 确实在参数 alpha
指向的位置上(这个接口的参数都是指针)。
从上面的描述可以看到,表达式模板是把双刃剑:既可以提高代码的性能,又能增加代码被误用的可能性。在可能用到表达式模板的地方,你需要注意这些问题。
平台细节
Armadillo 的文档里说明了如何从源代码进行安装,但在 Linux 和 macOS 下通过包管理器安装可能是更快的方式。在 CentOS 下可使用 sudo yum install armadillo-devel
,在 macOS 下可使用 brew install armadillo
。使用包管理器一般也会同时安装常见的依赖软件,如 ARPACK 和 OpenBLAS。
在 Windows 上,Armadillo 的安装包里自带了一个基本版本的 64 位 BLAS 和 LAPACK 库。如果需要更高性能或 32 位版本的话,就需要自己另外去安装了。除非你只是做一些非常简单的线性代数计算(就像我今天的例子),那直接告诉 Armadillo 不要使用第三方库也行。
cl /EHsc /DARMA_DONT_USE_BLAS /DARMA_DONT_USE_LAPACK …
Boost.Multiprecision
众所周知,C 和 C++(甚至推而广之到大部分的常用编程语言)里的数值类型是有精度限制的。比如,上一讲的代码里我们就用到了 INT_MIN
,最小的整数。很多情况下,使用目前这些类型是够用的(最高一般是 64 位整数和 80 位浮点数)。但也有很多情况,这些标准的类型远远不能满足需要。这时你就需要一个高精度的数值类型了。
有一次我需要找一个高精度整数类型和计算库,最后找到的就是 Boost.Multiprecision [9]。它基本满足我的需求,以及一般意义上对库的期望:
- 正确实现我需要的功能
- 接口符合直觉、易用
- 有良好的性能
正确实现功能这点我就不多讲了。这是一个基本出发点,没有太多可讨论的地方。在我上次的需求里,对性能其实也没有很高的要求。让我对 Boost.Multiprecision 满意的主要原因,就是它的接口了。
接口易用性
我在 [第 12 讲] 提到了 CLN。它对我来讲就是个反面教材。它的整数类型不仅不提供 %
运算符,居然还不提供 /
运算符!它强迫用户在下面两个方案中做出选择:
- 使用
truncate2
函数,得到一个商数和余数 - 使用
exquo
函数,当且仅当可以整除的时候
不管作者的设计原则是什么,这简直就是易用性方面的灾难了——不仅这些函数要查文档才能知晓,而且有的地方我真的只需要简单的除法呀……
哦,对了,它在 Windows 编译还很不方便,而我那时用的正是 Windows。
Boost.Multiprecision 的情况则恰恰相反,让我当即大为满意:
- 使用基本的
cpp_int
对象不需要预先编译库,只需要 Boost 的头文件和一个好的编译器。 - 常用运算符
+
、-
、*
、/
、%
一个不缺,全部都有。 - 可以自然地通过整数和字符串来进行构造。
- 提供了用户自定义字面量来高效地进行初始化。
- 在使用 IO 流时,输入输出既可以使用十进制,也可以通过
hex
来切换到十六进制。
下面的代码展示了它的基本功能:
#include
#include
#include <boost/multiprecision/cpp_int.hpp>
using namespace std;
int main()
{
using namespace boost::
multiprecision::literals;
using boost::multiprecision::
cpp_int;
cpp_int a =
0x123456789abcdef0_cppi;
cpp_int b = 16;
cpp_int c{“0400”};
cpp_int result = a * b / c;
cout « hex « result « endl;
cout « dec « result « endl;
}
输出是:
123456789abcdef
81985529216486895
我们可以看到,cpp_int
可以通过自定义字面量(后缀 _cppi
;只能十六进制)来初始化,可以通过一个普通整数来初始化,也可以通过字符串来初始化(并可以使用 0x
和 0
前缀来选择十六进制和八进制)。拿它可以正常地进行加减乘除操作,也可以通过 IO 流来输入输出。
性能
Boost.Multiprecision 使用了表达式模板和 C++11 的移动来避免不必要的拷贝。后者当然是件好事,而前者曾经坑了我一下——我第一次使用 Boost.Multiprecision 时非常困惑为什么我使用 half(n - 1)
调用下面的简单函数居然会编译不过:
template
inline N half(N n)
{
return n / 2;
}
我的意图当然是 N
应当被推导为 cpp_int
,half
的结果也是 cpp_int
。可实际上,n - 1
的结果跟上面的 Armadillo 展示的情况类似,是另外一个单独的类型。我需要把 half(n - 1)
改写成 half(N(n - 1))
才能得到期望的结果。
我做的计算挺简单,并不觉得表达式模板对我的计算有啥帮助,所以我最后是禁用了表达式模板:
typedef boost::multiprecision::
number<
boost::multiprecision::
cpp_int_backend<>,
boost::multiprecision::et_off>
int_type;
类似于 Armadillo 可以换不同的 BLAS 和 LAPACK 实现,Boost.Multiprecision 也可以改换不同的后端。比如,如果我们打算使用 GMP [10] 的话,我们需要包含利用 GMP 的头文件,并把上面的 int_type
的定义修正一下:
#include <boost/multiprecision/gmp.hpp>
typedef boost::multiprecision::
number<
boost::multiprecision::gmp_int,
boost::multiprecision::et_off>
int_type;
注意,我并不是推荐你换用 GMP。如果你真的对性能非常渴求的话,应当进行测试来选择合适的后端。否则缺省的后端易用性最好——比如,使用 GMP 后端就不能使用自定义字面量了。
我当时寻找高精度算术库是为了做 RSA 加解密。计算本身不复杂,属于编程几小时、运行几毫秒的情况。如果你有兴趣的话,可以看一下我那时的挑选过程和最终代码 [11]。
Boost 里好东西很多,远远不止这一样。下一讲我们就来专门聊聊 Boost。
内容小结
本讲我们讨论了两个进行计算的模板库,Armadillo 和 Boost.Multiprecision,并讨论了它们用到的表达式模板技巧和相关的计算库,如 BLAS、LAPACK 和 GMP。可以看到,使用 C++ 你可以站到巨人肩上,轻松写出高性能的计算代码。
课后思考
性能和易用性往往是有矛盾的。你对性能和易用性有什么样的偏好呢?欢迎留言与我分享。
参考资料
[1] Wikipedia, “Basic Linear Algebra Subprograms”. https://en.wikipedia.org/wiki/Basic_Linear_Algebra_Subprograms
[2] Wikipedia, “LAPACK”. https://en.wikipedia.org/wiki/LAPACK
[3] Wikipedia, “ARPACK”. https://en.wikipedia.org/wiki/ARPACK
[4] Zhang Xianyi et al., OpenBLAS. https://github.com/xianyi/OpenBLAS
[5] Intel, Math Kernel Library. https://software.intel.com/mkl
[6] Ilya Yaroshenko, mir-glas. https://github.com/libmir/mir-glas
[7] Conrad Sanderson and Ryan Curtin, “Armadillo: C++ library for linear algebra & scientific computing”. http://arma.sourceforge.net/
[8] Wikipedia, “Expression templates”. https://en.wikipedia.org/wiki/Expression_templates
[9] John Maddock, Boost.Multiprecision. https://www.boost.org/doc/libs/release/libs/multiprecision/doc/html/index.html
[10] The GNU MP bignum library. https://gmplib.org/
[11] 吴咏炜,“Choosing a multi-precision library for C++—a critique”. https://yongweiwu.wordpress.com/2016/06/04/choosing-a-multi-precision-library-for-c-a-critique/
文章作者 anonymous
上次更新 2024-02-19